फिल्म द केरला स्टोरी को लेकर विवाद जारी है जहाँ बीजेपी शासित राज्यों में फिल्म का जोरदार समर्थन हो रहा है, फिल्म टैक्स फ्री की जा रही है वहीं विपक्ष लगातार इस फिल्म का विरोध कर रहा है. पश्चिम बंगाल और तमिलनाडु सरकार ने फिल्म पर प्रतिबन्ध लगा दिया है.

पश्चिम बंगाल की मुख्यमंत्री ममता बनर्जी कहती हैं - फिल्म कश्मीर फाइल्स आई इसमें एक विशेष वर्ग के लोगों को बदनाम किया गया. नफरत को बढ़ावा दिया गया अब फिल्म द केरला स्टोरी आई है यह भी इसी तरह की कहानी से घिरी हुई है. ममता का बयान सुनकर बीजेपी उनपर बरस पड़ी है.

 बीजेपी के राष्ट्रीय महासचिव तरुण चुग ने ममता बनर्जी के बयान पर पलटवार करते हुए कहा कि पश्चिम बंगाल की मुख्यमंत्री ममता बनर्जी नए जमाने की जिन्ना यानी मोडर्न जिन्ना हैं. केंद्रीय मंत्री अनुराग ठाकुर  कहते हैं द केरला स्टोरी को पश्चिम बंगाल में बैन किया गया यह बहुत बड़ा अन्याय हो रहा है.

उन्होंने आगे कहा-  वहां अभी एक मासूम बच्ची का रेप और हत्या हुई है. इस पर तो ममता बनर्जी कुछ नहीं बोलती, लेकिन फिल्म को बैन कर रही हैं. इसके अलावा अनुराग ठाकुर ने कहा कि तुष्टिकरण और वोट बैंक की राजनीति का यह खेल भारत की बेटियों की ज़िंदगी की बर्बाद कर रहा है.